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Der Universitätsrat ist das oberste Organ der Universität und übt die unmittelbare Aufsicht über die Universität aus. Dem Universitätsrat (UR) gehören sieben bis neun Mitglieder an: Die Vorsteherin oder der Vorsteher der Bildungsdirektion sowie durch den Regierungsrat gewählte Persönlichkeiten aus Wissenschaft, Kultur, Wirtschaft und Politik.
Zudem nehmen mit beratender Stimme und Antragsrecht an den Sitzungen teil: Eine Vertreterin oder ein Vertreter der Gesundheitsdirektion, ein Mitglied des Spitalrats des UniversitätsSpitals Zürich, die Mitglieder der Universitätsleitung sowie je eine Vertreterin oder ein Vertreter der Stände.
Der Universitätsrat verabschiedet u.a. das Globalbudget, die Personalverordnung (PVO-UZH) oder das Finanzreglement zuhanden des Regierungsrats, erlässt die Universitätsordnung und weitere Verordnungen im gesamtuniversitären Bereich, genehmigt das Leitbild der Universität und wählt die Mitglieder der Universitätsleitung. Er ernennt die Professorinnen und Professoren und ist für die Schaffung von Fakultäten, Instituten und weiteren Organisationseinheiten der Universität zuständig.
Der Universitätsrat tagt rund 10 Mal pro Jahr. Das Aktuariat liegt beim Hochschulamt der Bildungsdirektion des Kantons Zürich. Das Generalsekretariat stellt die Koordination der Geschäfte mit dem Hochschulamt sicher. Universitätsintern ist das Generalsekretariat die erste Anlaufstelle für Fragen und Angelegenheiten rund um den Universitätsrat.